我國加入世貿組織后，對正在興起的中國馬鈴薯淀粉業來說，在帶來機遇的同時無疑也帶來巨大的沖擊。
首先，面對的是技術、產品質量及品種方面的沖擊。我國馬鈴薯加工業盡管是20世紀90年代以后興起的，但在技術裝備水平和新產品開發能力等方面并沒有"超前定位"，所以與國際先進水平存在較大的差距。歐美發達國家經過100多年的發展，已開發出馬鈴薯淀粉及衍生物2000多個品種，面我國投入生產并具規模的只有十多個品種。面對我國入世后同行業的激烈競爭，很可能處于不利或劣勢的地位。
其次，是市場方面的沖擊。如果我國的馬鈴薯淀粉業不能迅速提高競爭力，則外國資本就很可能通過兼并收購以及技術嫁接等方式在中國馬鈴薯行業占有較多的市場份額。
第三，價格方面的沖擊。隨著馬鈴薯淀粉進口關稅的降低，價格競爭將愈演愈烈。我國的馬鈴薯加工企業同國外企業比較，雖然勞動力成本和運輸成本相對降低，但是在原料成本和勞動生產率方面卻毫無優勢。而在馬鈴薯淀粉的生產成本中，原料的收購費用占70％以上。目前我國馬鈴薯淀粉加工降低成本、降低價格方面已經沒有多大活動空間，一些企業面對價格沖擊甚至可以出現生存危機。
第四，原料供應方面的沖擊。歐美馬鈴薯加工企業的生產原料一般都是通過培育選定的淀粉含量高的專用品種。而國內許多馬鈴薯加工企業不但沒有專用馬鈴薯的生產基地，而且也沒有馬鈴薯原料長期穩定供給自己的基地。
